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主任王烽在接受《瞭望东方周刊》采访时，对三分之一人数的划定提出了疑问：“校长和各院院长本身是教授或院士，又当院长又当教授的人在这三分之一的比例中放在什么位置？这样的规定更多地考虑学术职务和行政职务一肩挑的现象，而从长远来看，担任学术职务的人不应再担任行政职务。”
王烽认为学术委员会必须是一个独立体系，这样才能有与行政机构讨价还价的能力，否则容易沦为行政部门的辅助机构。
“多数学校原来的行政体制没有变，多了一个教授委员会，就是多了一个咨询机构。这种教授委员会多数集中在院系，没有延伸到下一级。学校就这点权力，做加法不行，要做的是权力的转移，把行政部门的权力转移到教授委员会，行政部门要从原来的管理职能向服务职能转变。”王烽说，“三中全会提出的简政放权，转变政府职能，主要规范的是政府和市场的关系，也可以延伸到政府和学校的关系，高校完全可以按照政府和市场的关系来改革。”
在规范学术委员会之外，储朝晖还建议引入第三方评价机制来制约高校行政权力滥用的现象。
“在美国高校，董事会和专业管理人员之外，还有教师会这个机构的设置。美国教师联合会作为一个民间组织，极大地维护了教师权利，如果学校侵害了教师权利，这个组织会发出调查声明，学校声誉就会受到影响，无法吸引优秀的学生和教师。所以在美国，学校一般不敢对教师采取越轨行为。”储朝晖说，“在中国，专业组织不能发挥这么大的作用。教师联合会在中国短期内很难推开。”
大学章程应该由人大通过
王烽向本刊记者总结了建立现代大学制度的三个抓手：章程作为现代大学制度建立的基础。内部机制的变化主要体现在学术委员会的改革。学校内部管理机构建设，要想体现教授治校，就得处理好党委领导和校长负责的关系。
6所高校确立了他们的大学“宪法”，这个基础建立的是否稳固扎实，直接关系到以后的内部机制改革。但是多数接受媒体采访的专家表示，目前章程的制定还有些流于形式。
“我们没看到政府和高等院校的关系有什么实质的变化，也没看到内部管理体制有多么符合现代大学制度的变革。”王烽说。
储朝晖举例说，6所高校章程中的最终解释权是学校党委，他认为这种行政性的规定不符合现代大学制度。
“解释权归党委，就证明章程是党委制定的。现代大学制度下的大学章程一般是由大学所有成员参与制定的，连学生都要有参与表达的权利。”储朝晖说，“三中全会将管理改为治理，管理是一部分人管另一部分人，治理则是所有人共同治理，其中就包括学生自治。”
“中国大学里最大的问题是权力过度集中在管理层，在权力结构中，一般大学权力应该主要集中在基层。而现在我们集中在上层，上层又集中到行政部门。不能在行政权力结构下设立学术委员会。”储朝晖说。
“我主张大学章程不应该由教育部核定，应该由人大通过，才能起法律作用。中央直属高校就应该由全国人大通过章程，各个省办的学校就由省人大通过。”储朝晖说。