随着肉鸡养殖业的快速发展，慢性呼吸道病、大肠杆菌病、球虫病、新城疫等已成为常见多发病，传染性贫血、网状内皮组织增生症等免疫抑制性疾病也呈现出上升的趋势，并发、继发的混合感染性疾病成为养殖业的心腹大患。这些情况导致大多养殖场、养殖小区、养殖户不停地用药和不敢停药，一停药就感觉心里不踏实。然而，盲目地大剂量投药，不但增加了养殖成本，而且使病原体容易产生耐药性，会导致肠道菌群失衡、肝肾功能损害、免疫抑制等问题，造成更大的经济损伤。因此，要针对不同日龄、发病规律、发病情况、环境变化等因素合理制定用药程序。
一、1～5日龄
主要预防大肠杆菌、支原体。
刚进雏时，补充维生素和葡萄糖可以防止鸡群应激，促进卵黄吸收。可在进雏前2小时将饮水器装满20℃左右的温开水，水中加5%的葡萄糖、多维；对运输距离较远或存放时间太长的雏鸡，饮水中还需加适量的补液盐。添水量以每只鸡6毫升计，将饮水器均匀地分布在育雏器边缘。
控制支原体可以有效预防慢性呼吸道病，同时使用抗大肠杆菌药物十分重要。因为大肠杆菌在环境中长期存在，雏鸡出壳后通过口腔和脐带感染大肠杆菌，从而导致早期发生大肠杆菌病，雏鸡第一个星期死亡率升高。
建议选用氧氟沙星，因其对支原体和大肠杆菌都有很好的抑制作用，而且安全可靠。同时，舍内隔日要带鸡喷雾消毒一次，消毒液用量为每平方米35毫升，浓度按消毒药说明书配制，消毒药选用聚维酮碘或双链季铵盐络合碘。
二、9～12日龄
主要预防大肠杆菌、支原体、球虫病及病毒性疾病。
肉鸡7日龄时，通过点眼滴鼻和注射的方式接种新城疫、传染性支气管炎、禽流感疫苗。抓鸡和免疫接种易使鸡群受到高密度应激，使鸡群体质下降，再加上疫苗的刺激，呼吸道黏膜收到损伤，从而给环境中的支原体和大肠杆菌创造了入侵机体感染发病的机会。因此，免疫时抓鸡要轻，待疫苗完全吸入鼻孔和眼中后才放鸡。免疫当天的饮水中不加消毒药，可适当添加复合维生素。同时，要选用副作用小且高敏的药物，既要防止疾病发生，又要保护好机体器官不受损害。
建议使用氨苄西林成分的药物；同时，由于鸡群的生长代谢使鸡舍环境逐渐变得高温高湿，为球虫繁殖创造了条件，因此要在这一阶段加入预防球虫的药物，建议使用地克珠利成分的药物。疫苗使用后不是马上达到最高效价，而是一个先下降再升高的过程，会出现免疫空白期。因此要在免疫空白期加入纯中药抗病毒药物，既不影响免疫效果，又能防止病毒在免疫空白期内繁殖。
三、16～18日龄
主要预防法氏囊、支原体、肠炎。
肉鸡14日龄一般通过饮水或滴口的方式接种传染性法氏囊疫苗。早晨供料前停水，夏季停水2～3小时，冬季3～4小时。用清水洗净饮水器，注意免疫用水不得含有消毒药，每只鸡的免疫用水量冬季22毫升左右，夏季28毫升左右。为延长疫苗在饮水中的存活时间，在水中加入0.3%的脱脂奶粉，以每只鸡2份的量将疫苗溶入水中。注意使每只鸡都喝上疫苗，要求在1～1.5小时内饮完，饮水中加水溶性复合多维。
接种疫苗后法氏囊本身有不同程度的炎性反应，恰恰是这种炎性反应导致机体短暂的免疫抑制，为支原体提供了可乘之机。建议使用预防呼吸道病类药物多西环素，同时为了解除免疫抑制，提高机体免疫力，可以选用黄芪多糖口服液。传染性法氏囊疫苗一般定植于肠道黏膜，造成损伤，使细菌侵入引起肠炎，所以需要加入氨基糖苷类肠道药物来预防肠炎的发生。
四、23～27日龄
主要预防禽流感等病毒性疾病及大肠杆菌、支原体。
肉鸡21日龄一般饮水免疫新城疫疫苗，免疫后抗体先降后升，再次出现免疫空白期，要防止病毒病的发生。并且这一段时期是支原体、大肠杆菌、禽流感等的易感期，建议选择高敏的抗生素和对病毒性疾病效果最好的药物。
五、30～35日龄
主要预防大肠杆菌、球虫病、肠炎。
这段时间是肉鸡生长速度最快、采食量增长最快的时期，是肉鸡养殖成败的关键时期。由于从2号饲料换为3号饲料，常常出现肠道功能紊乱引起腹泻、过料、肠炎等症状，同时可以引起大肠杆菌和球虫感染。这段时期建议使用比较敏感的抗菌药物，如氟苯尼考和抗球虫药物妥曲珠利。
六、37～42日龄
主要预防呼吸道病和病毒性疾病。因前期用药，对肝肾会造成一定损害，因此需要添加保肝护肾的药物，最好是中药，如五苓散，来提高机体的抵抗力。肉鸡养殖后期，特别是5星期以后，呼吸道疾病和病毒性疾病常混合感染爆发。建议选用抗病毒药物，如荆防败毒散；呼吸道药物，如大环内酯类等。
七、43～47日龄
对养大肉食鸡的农户，这段时间的主要任务是调整肠道，采用纯中药制剂如白头翁散，即可调整后期生长速度，又可防止宰前药物残留。